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慈禧垂帘听政以后，借整顿吏治之机，此案又被提及。慈禧痛下决心，一定严惩，要杀一儆百。负责总办秋审的刑部郎中余光绰就是常州人，对何桂清十分愤恨，而他恰好负责此案。

他认为仅依据“封疆大吏失守城池斩监候，秋后处决律“是不够的，又加上何桂清击杀执香跪拜父老十九人，伤天害理，罪当加重，拟斩立决。

然而，盘根错节的政治关系，却使本已定罪明确的案件变得十分复杂，来自于方方面面的说客竭力为其开脱。这些人各怀心腹事，有的是私交甚厚，有的是兔死狐悲，有的是不明是非，有的是见风使舵。

一时间，围绕是否诛杀何桂清掀起一股狂澜。慈禧执意认为举国用兵，如果包庇临阵脱逃的将帅，又何以鼓舞三军士气？争论没有阻挡住慈禧杀何桂清的决心。

自太平天国爆发以来，清廷封疆大吏及府县各官，连连失地弃城。有的府县官员赴任之所，因地当要冲或邻近太平军，竟规避不前，数年不到任。

有的官员则是太平军一到，即弃城逃走，为逃避失城罪责，事后托请上司倒填年月，捏称因公赴乡出境。

此类积弊一直未予严肃处理，以致吏治日坏，丧师失地之员日见其多。

看完奏折，慈禧断然处决何桂清，军兴以来第一次使一品大员以失地弃城罪伏诛，刹了上述歪风，整饬了吏治，纲纪为之肃然。

但是，这还不够，慈禧要借此立威，重塑朝纲！慈禧垂帘不久，适逢三年一次对官员进行考核的“京察“和“大计“。

这是效仿明朝的官员管理制度而实施的一项对现任官考核的制度。

每三年考核一次，对京官的考核叫“京察“，对地方官的考核叫“大计“。按照清朝的制度，京察时三品以下官员由吏部和都察院负责考核。

三品以上官员及总督、巡抚等方面大员，则先自陈政事得失，最后由皇帝敕裁。经过考察后，官员按照“称职“、“勤职“、“供职“三种等级，实行奖惩。

“大计“是考核道、府及州县官员。一般是由各级官员依隶属关系逐级考察，做出评断，最后申之各省督抚，核其事状，注考造册，送吏部复核。

“大计“后的官员，按“卓异“与“供职“两个等级奖惩。清朝对官员的考绩，不论是“京察“还是“大计“都以“四格“、“六法“作为考核标准。

所谓“四格“是指“才“（指才干，分长、平、短三等），“守“（指操守，分廉、平、贪三类），“政“（指政务，分勤、平、怠三类），“年“（指年龄，分青、中、老三类）。

所谓“六法“是指“不谨“、“罢软无为“、“浮躁“、“才力不足“、“年老“、“有疾“等六个方面的缺失。经过考核，被列入“不谨““罢软“者，革职处分；属“浮躁““不才“者降级；“年老““有疾“者勒令退休。